O apelido Pereira surgido em Portugal é originário de uma árvore de mesmo nome, cujo fruto é a pêra. O nome Pereira foi dado a diversas regiões em Portugal, talvez por que essas regiões se tratavam de plantações de pêras, com o tempo os habitantes destas regiões passaram a usar o sobrenome Pereira, demonstrando que eram originários das regiões que tinham o mesmo nome.
Acredita-se que o apelido foi usado primeiramente por uma família rica, senhores da Quinta de Pereira, em Esmeriz. O primeiro a usar o sobrenome foi Rui Gonçalves Pereira, dele descende D. Nuno Alvares Pereira, pai de Beatriz Pereira de Alvim que se casou com D. Afonso, o primeiro Duque de Bragança, dando origem à Casa de Bragança, que mais tarde iria reinar sobre Portugal.
No Brasil, o primeiro Pereira foi o donatário Francisco Pereira Coutinho, assassinado brutalmente pelos índios tupinambás em Itaparica, em 1549. Entre seus descendentes está um dos mais importantes editores brasileiros, José Olympio (Pereira Filho). O nome também foi adotado por cristãos-novos. Em 1606, chegou ao Brasil a degredada Ana Pereira, acusada de bigamia. Os estados brasileiros onde eles inicialmente se propagaram são Minas Gerais, Rio de Janeiro e São Paulo.